Σύμφωνα με την υπ’ αριθ. 115492/22.07.2024 (Φ.Ε.Κ. 869/12.08.2024, τ. Υ.Ο.Δ.Δ.) διαπιστωτική πράξη Πρύτανη περί εκλογής Πρύτανη και ορισμού τεσσάρων (4) Αντιπρυτάνεων του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου και την υπ’ αρ. 116153/05.09.2024 (Φ.Ε.Κ. 5184/13.09.2024, τ. Β΄), απόφαση Πρύτανη περί καθορισμού της σειράς αναπλήρωσης του Πρύτανη, του τομέα ευθύνης των Αντιπρυτάνεων και μεταβίβασης αρμοδιοτήτων στους και στις Αντιπρυτάνεις του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου, οι Πρυτανικές Αρχές για το χρονικό διάστημα από 01.09.2024 έως 31.08.2028 έχουν ως εξής:
Το Χαροκόπειο Πανεπιστήμιο άρχισε να λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 1993-1994. Τα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του διοικήθηκε διαδοχικά από δύο Διοικούσες Επιτροπές.
Πρόεδρος της πρώτης Διοικούσας Επιτροπής (1991-1996) διετέλεσε η Αθηνά Ζαμάνη – Παπαπέτρου, Καθηγήτρια του Πανεπιστημίου Αθηνών, Αντιπρόεδρος ο Γεώργιος Καραμπατζός, Καθηγητής του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου και μέλη οι: Ελευθέριος Καραγιαννόπουλος, Διευθυντής Προγραμματισμού και Μελετών του Υπουργείου Παιδείας, Ευτυχία Κομηνάτου-Παγώνη, Διευθύντρια της Τεχνικής Υπηρεσίας του Πανεπιστημίου Αθηνών, Αντώνιος Ρήγας, Καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών, Ηλίας Σιδηρόπουλος, Καθηγητής του Παντείου Πανεπιστημίου και Νικόλαος Τσούτσας, Δικηγόρος – Νομικός Σύμβουλος του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου.
Πρόεδρος της δεύτερης Διοικούσας Επιτροπής (1996-1999) υπήρξε ο Κωνσταντίνος Μπαλής (†2000), Καθηγητής του Γεωπονικού Πανεπιστημίου.
Από το 1999 το Πανεπιστήμιο απέκτησε δικές του Πρυτανικές Αρχές με πρώτο Πρύτανη τον Καθηγητή Γεώργιο Καραμπατζό (†2011) και Αντιπρυτάνεις του Καθηγητές Βασίλειο Σταυρινό, Κωνσταντίνο Μπαλή (†2000) και Ανδρέα Κυριακούση (από το 2000).
Το 2004 εξελέγη Πρύτανης ο Καθηγητής Ανδρέας Κυριακούσης και Αντιπρυτάνεις οι Καθηγήτριες Σμαραγδή Αντωνοπούλου και Αικατερίνη Μαριδάκη-Κασσωτάκη, ενώ από 01.01.2011 έως 30.04.2011 άσκησε χρέη Πρύτανη η Αντιπρύτανης κ. Σμαραγδή Αντωνοπούλου και από 01.05.2011 έως 31.08.2011 χρέη Πρύτανη άσκησε η κ. Αικ. Μαριδάκη – Κασσωτάκη.
Από 01.09.2011 έως 14.01.2016 Πρύτανης διετέλεσε ο Καθηγητής Δημοσθένης Αναγνωστόπουλος και Αναπληρωτές Πρύτανη οι: Καθηγητής Απόστολος Παπαδόπουλος και Καθηγήτρια Ευαγγελία Γεωργιτσογιάννη.
Από 15.01.2016 έως 31.08.2020 Πρύτανις διετέλεσε η Καθηγήτρια Μαρία Νικολαΐδη με Αναπληρωτές Πρύτανη: Καθηγητής Δημοσθένης Παναγιωτάκος (έως 03.11.2019), Καθηγητής Χρίστος Χαλκιάς, Καθηγήτρια Κωνσταντία – Αικατερίνη Λαζαρίδη και Αναπληρωτής Καθηγητής Κωνσταντίνος Αμπελιώτης.
Από 01.09.2020 έως 31.08.2024 Πρύτανις διετέλεσε η Καθηγήτρια Μαρία Νικολαΐδη με Αντιπρυτάνεις: Καθηγητής Κωνσταντίνος Αμπελιώτης, Καθηγητής Γεώργιος Δεδούσης, Καθηγητής Γεώργιος Μαλινδρέτος και Καθηγητής Χρίστος Χαλκιάς.