Το Τμήμα Γεωγραφίας ιδρύθηκε το 1999 μετά από πρόταση του Πανεπιστημίου, που υποβλήθηκε για πρώτη φορά το 1994. Η πρόταση αυτή, αφού βελτιώθηκε, εντάχθηκε το 1997 στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Εκπαίδευσης και Αρχικής Επαγγελματικής Κατάρτισης του ΥΠΕΠΘ. Από το ακαδημαϊκό έτος 2005-2006 λειτουργεί στο Τμήμα και Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Εφαρμοσμένη Γεωγραφία και Διαχείριση του Χώρου». 

Το επιστημονικό αντικείμενο της Γεωγραφίας στο Τμήμα Γεωγραφίας του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου συγκροτείται από τρεις ευρύτερες θεματικές ενότητες:

(α) φυσικής γεωγραφίας (γεωμορφολογία, ωκεανογραφία, κλιματολογία, υδρολογία, κ.α),

(β) ανθρώπινης γεωγραφίας  (οικονομική, πολιτική, κοινωνική, ιστορική, και πολιτισμική γεωγραφία),

(γ) εφαρμοσμένης γεωγραφίας / προγραμματισμού και διαχείρισης του χώρου  (αστική και περιφερειακή ανάπτυξη, τοπική ανάπτυξη, χωροταξία, διαχείριση περιβάλλοντος κ.α).  

Το Τμήμα διοικείται από τη Γενική Συνέλευση, με Πρόεδρο τον  κ. Π.Μ.Δελλαδέτσιμα (Αναπληρωτή Καθηγητή), και Αναπληρωτή Πρόεδρο τον κ. Κ. Χατζημιχάλη (Καθηγητή).